La aerolínea fundada y operada por los extrabajadores de Pluna cuenta con apenas US$ 2 millones de los US$ 15 millones recibidos originalmente por el Fondes (Fondo para el Desarrollo) de Uruguay. Esto condujo a que solicitara al gobierno otros US$ 5 ó 6 millones extra para poder continuar funcionando. El problema de Alas Uruguay es la escasa venta de pasajes, principalmente en Buenos Aires, hacia donde los vuelos cuentan con apenas un 28% de promedio de ocupación. Distinto es el caso de los vuelos a Asunción. En paralelo se conoció que la Dirección Nacional de Aviación Civil (Dinacia) estaría demorada en la certificación del tercer avión de la compañía.
