El Gobierno mexicano ya no cuenta a Interjet como compañía válida y en operaciones, y por eso la ha eliminado del registro de la Secretaría de Comunicaciones y Transportes (SCT). De hecho, la ha marginado ya de las estadísticas. La empresa, de hecho, no ha realizado operaciones desde enero de 2021 y su último vuelo se remonta a 10 de diciembre de 2020. Cabe recordar que la Procuraduría Fiscal de la Federación ha presentado una querella ante la Fiscalía General de la República contra Miguel Aleman Velasco y Miguel Aleman Magnani, propietarios de Interjet por el impago de impuestos. El Servicio de Administración Tributaria (SAT) emitió opinión de delito por fraude fiscal por US$ 3,1 millones correspondientes a Impuesto sobre la Renta del ejercicio 2018. Los Aleman acumulan impagos de diversa índole, por US$ 220 millones.
